اداره امور بیمارستانهای دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی از مجموعه تشکیلات حوزه معاونت درمان دانشگاه با هدف ارتقا سطح کیفی و کمی خدمات درمان بستری از سال 1384 شروع به فعالیت نمود. این اداره از سال 1396 با ابلاغ چارت جدید معاونت درمان به مدیریت امور بیماری ها تغییر عنوان پیدا کرده و با زیرمجموعه های: درمان بیماریها، آمار و سطح بندی خدمات درمانی، جذب و توزیع نیرو های تخصصی، تعالی خدمات بالینی،اورژانس بیمارستانی، مددکاری، تغذیه بالینی، مامایی و برنامه های مراقبتی مادر، نوزاد و کودک و تعداد 10 کارشناس در حال فعالیت می‌باشد.